Научно-исследовательский институт почвоведения и агрохимии основан в 1920 году как Институт почвоведения и геоботаники при Туркестанском государственном университете. В 1932 году он был реорганизован в Центральную станцию удобрений и агропочвоведения при Всесоюзном научно-исследовательском институте хлопководства, а в 1943 году воссоздан как Институт почвоведения в составе Академии наук Узбекистана. С 1972 года, после создания в институте агрохимического направления, он назывался Институтом почвоведения и агрохимии.
В 1998–2014 годах институт входил в состав Государственного комитета Республики Узбекистан «Ергеодезкадастр», в 2014–2017 годах — Научно-производственного центра сельского хозяйства Узбекистана, в 2017–2020 годах — Государственного комитета Республики Узбекистан по земельным ресурсам, геодезии, картографии и государственному кадастру.
На основании Указа Президента Республики Узбекистан от 7 сентября 2020 года № УП-6061 «О мерах по коренному совершенствованию системы ведения учёта земель и государственных кадастров» и Постановления Президента от 7 сентября 2020 года № ПП-4819 «О мерах по организации деятельности Агентства по кадастру при Государственном налоговом комитете Республики Узбекистан» институт работает в ведении Национального центра знаний и инноваций в сельском хозяйстве при Министерстве сельского хозяйства.
