Tuproqshunoslik va agrokimyo ilmiy-tadqiqot instituti 1920 yilda Tuproqshunoslik va geobotanika instituti nomi bilan Turkiston davlat universiteti huzurida tashkil etilgan. 1932 yilda Butunittifoq paxtachilik ilmiy tadqiqot instituti qoshidagi Oʼgʼitlar va agrotuproqshunoslik Markaziy stantsiyasi sifatida qayta tashkil qilindi, 1943 yilda Oʼzbekiston Fanlar akademiyasi tarkibida Tuproqshunoslik instituti nomi bilan qayta tashkil qilingan. 1972 yildan Institutda agrokimyo yoʼnalishi tashkil qilinib Tuproqshunoslik va agrokimyo instituti nomi bilan yuritilgan. 1998-2014 yillarda Institut Oʼzbekiston Respublikasi “Yergeodezkadastr” davlat qoʼmitasi tarkibida, 2014-2017 yillar mobaynida Oʼzbekiston qishloq xoʼjaligi ilmiy ishlab chiqarish markazi, 2017-2020 yillarda Oʼzbekiston Respublikasi Yer resurslari, geodeziya, kartografiya va davlat kadastri davlat qoʼmitasi tarkibida faoliyat koʼrsatdi. Oʼzbekiston Respublikasi Prezidentining 2020 yil 7 sentyabrdagi “Yer hisobi va davlat kadastrlarini yuritish tizimini tubdan takomillashtirish chora-tadbirlari toʼgʼrisida”gi PF-6061-son Farmoni hamda Oʼzbekiston Respublikasi Prezidentining 2020 yil 7 sentyabrdagi “Oʼzbekiston Respublikasi Davlat soliq qoʼmitasi huzuridagi Kadastr agentligi faoliyatini tashkil etish chora-tadbirlari toʼgʼrisida”gi PQ-4819-son qarori asosida Qishloq xoʼjaligi vazirligi huzuridagi Qishloq xoʼjaligida bilim va innovatsiyalar milliy markazi tasarrufida faoliyat olib bormoqda.